然而，多肽作为免疫原生产抗体需要考虑很多因素才有可能生产出我们一开始渴望得到的相关抗体，下面就简单介绍一下这方面的注意事项。

1，为了得到一个渴望的抗体，首先要明确我们要用这个抗体做什么样的用途，只有明确了抗体的用途我们就可依据抗体的用途来选择相关的蛋白序列作为免疫原，这样才能使我们实验成功的可能性最大化。如果目标抗体是为了应用于免疫印迹（Western Blot）或免疫组织化学（immunohistochemistry），则我们得目标抗体只能是识别降解变性后的线性蛋白表位而不是空间构像表位。相反，如果目标抗体是为了应用于流式细胞术，那么目标抗体必须是能够识别拥有空间构像表位的天然蛋白。

2，为了提高实验的成功率，有必要选取天然蛋白的多个不同序列分别同时免疫动物，否则不成功的话就又要多花若干个周期来研发目的抗体了。

3，蛋白的相关序列信息都可以通过NCBI或uniprot等网站数据库查询，查询到蛋白的相关序列后需要做一个同源性分析，最好是选择同源性最小的特别序列作为多肽免疫原，从而避免交叉反应的发生。

4，多肽作为免疫原，设计时其长度一般保持在8-20个氨基酸残基。太长的多肽花容易形成二级结构（不是我们渴望的），太短的多肽所产生的抗体与天然蛋白不能充分结合从而很难识别天然蛋白。

5，多肽PH为中性较好。

6，多肽不应含有多个Met,Trp,Cys.避免其被氧化二构像改变。而且不应该出现较长的连续重复的氨基酸序列（如：Arg Arg Arg Arg Arg）,多肽N端避免出现Asn或Gln.另外不要以Pro开头或结束。

7，多肽的亲水性也比较重要，一般选择天然蛋白的N端或C端序列，因为两端序列一般都处于天然蛋白表面的亲水性区域。天然蛋白的beta-转角或beta-折叠序列也是较好的选择，相反，alpha-螺旋区域序列就需要尽量避免，因为其伸缩接触性不强，不利于抗体与天然蛋白的接触识别。